「このWebサイトから自動的に電話を～」と表示されるのですが…

問題ございません。

電話ボタンをタップすると「このWebサイトから自動的に電話をかけることは禁止されています」と表示されるのですが、そのまま「通話を許可」を押していただければ、発信ボタンが表示されますので、そのまま電話をおかけください。

iOS10.1以降のSafariでは、1つのページで電話番号リンクを3回以上クリックするとこのようなダイアログが出る仕様になっています。その他のブラウザ（Google Chrome等）では表示されません。